测定蛋白质的构型的主要有两种方法：Edman降解（Edman degradation）和质谱法。

　　EDMAN降解法测序是经典的方法，通过从多肽链游离的N末端（或者C末端，但是很少）测定氨基酸残基的序列的过程。N末端氨基酸残基被苯异硫氰酸酯修饰，然后从多肽链上切下修饰的残基，现在一般都是自动测序仪。

　　质谱法测蛋白只要是利用生物质谱仪，比如ESI-Q-TOF，ESI-IT-Obitraq。利用特异的酶将蛋白切成肽段，然后通过质谱方法进行测定，产生数据或通过重头比对，或者通过生物信息学中数据库搜索的方法推断出肽段序列，然后再由肽段序列拼接处蛋白序列。这种方法是近些年来随着蛋白质组学的发展而广泛被使用，但是对于蛋白完整序列测定需要较强的生物信息学技术。

　　整体而言，EDMAN降解法准确，但是耗时长，而且对于所测定的肽段要求很高，不能太长，不能太难修饰等等，一般能测个20-50碱基不错了。而质谱法方法快速，但是准确性比EDMAN降解法略差。

　　另外，楼主讲的蛋白功能测定，不同的蛋白质功能各异，蛋白功能主要通过生物学实验反复验证次得到，这个比较复杂，没有固定的模式，要逐一研究。

　　另外，像核磁仪可以用来研究蛋白的构象或者说晶体结构，表面等离子共振仪器可以用来研究蛋白蛋白相互作用，等等，蛋白质是未来有限的生物研究资源，现在对蛋白质的研究热情都很高。也有许多相关的基础科教书，楼主感兴趣可以去看看。